김 교수는 김 실장을 겨냥해 “어떤 대학의 총장이 갑작스레 청와대의 비서실장으로 일자리를 옮긴 것이 조금도 놀랄 일은 아니지만 왜 그런지 분통이 터진다”고 밝힌 뒤, 그 까닭에 대해 “‘저 사람도 인간인가’ 하는 생각이 앞서기 때문”이라며 비난의 포문을 열었다.
김 교수는 대통령 비서실장직에 대해 “대통령 책임제의 정부에서는 국무총리를 비롯한 내각의 각료들이 모두 대통령 수하에 있으며, 청와대는 완전히 대통령 전속이고, 비서니 비서실장이니 하는 사람들은 모두 대통령의 손발이다”라고 규정했다. 그러면서 “총장 자리에 앉아 있던 사람이 대통령의 손이 될 것인지 발이 될 것인지는 모르겠지만, 이렇게 총장 자리를 내팽개치고 청와대로 달려갈 수 있단 말인가”라며 “솟구치는 배신감을 억제하기 어려웠다”는 심정을 솔직히 밝혔다.
심지어 그는 “연세대학의 총장이 노무현씨에게 고개를 푹 숙이고 그 밑으로 기어들어간다 것은 분통이 터지지 않을 수 없는 일”이라면서 “이 사람이 가까이 있으면 내 주먹으로 힘껏 한 대 갈기고 싶은 심정”이라며 격한 감정을 그대로 드러냈다.
김 교수는 여기서 한 발 더 나가 현 정부에 대한 강도 높은 비난도 서슴지 않았다. 그는 현 정부를 ‘탁류’에 비유하면서 “하도 요즘 나라가 어지러워 조국을 구하려는 일편단심, 애국충정으로 탁류에 몸을 던진 것이냐”고 김 실장을 비아냥거리면서 “그 탁류는 하도 썩어서 빠진 사람들을 건지기는커녕 당신의 몸 하나도 건지기 어려울 것”이라고 비꼬았다.