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유전자 조작 거미에 물려 스파이더맨이 된 피터 파커. 모두에겐 영웅이지만 정작 자신에겐 어려운 일 투성이다. 신분을 밝힐 수 없는 상황에서 사랑하는 메리 제인과의 약속은 어긋나기 일쑤. 스파이더맨에게 죽은 아버지의 복수에 불타는 친구 해리의 모습 역시 모른 척할 수밖에 없다. 한편 피터가 존경하는 핵물리학자 옥타비우스 교수는 실험중 사고로 기계촉수를 휘두르는 악의 화신 ‘닥터 옥토퍼스’가 된다. 이제 과학재단을 운영하는 해리가 닥터 오크에게 절실한 트리늄을 빌미로 거절 못할 제안을 하면서 도시 전체가 걷잡을 수 없는 위험에 휘말리게 되는데….