위탁 연구개발 비용 세액공제 요구하며 ‘조세특례제한법 적용’ 공방…조세심판원·법원 “세무서 처분 정당”
GS리테일은 외부전문업체에 위탁해 자사의 전산 시스템을 개발한 비용이 세액공제 대상이 되는 연구개발 비용에 해당한다고 판단, 역삼세무서에 법인세 공제를 요청했으나 받아들여지지 않았다. 이에 조세심판원과 서울행정법원(1심), 서울고등법원(항소심) 등에 잇달아 판단을 요청했으나 모두 기각됐다. 대법원 상고는 하지 않아 2심 판결이 확정됐다.
GS리테일은 2011년부터 2014년까지 외부업체에 위탁하는 방식으로 POS(판매시점 정보관리), SCM(공급망 관리) 등 영업에 필요한 각종 데이터를 처리하기 위한 전산 시스템을 개발하는 과정에서 연구개발비 약 197억 원을 지출했다.
GS리테일은 해당 연구개발비를 조세특례제한법상 연구개발비로 인정해달라며 2015년 8월 13일 역삼세무서에 법인세 약 46억 원 환급을 요청하는 경정청구를 제기했다. 경정청구란 법정 신고기한 내에 세금을 납부했으나 과다하게 납부했거 오류가 있을 경우 환급을 요청하는 제도다.
조세특례제법에 따르면 연구개발 및 인력개발 비용 일부는 법인세 공제가 가능하다. 연구개발의 경우 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(과학기술 활동)’이나 ‘새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(서비스 활동)’ 등에 해당한다면 세액공제를 받을 수 있다.
그러나 역삼세무서는 GS리테일의 경정청구에 대한 세무서 측 판단을 기한 내 통지하지 않았고, GS리테일은 이를 경정청구 거부 처분으로 판단, 2015년 12월 18일 조세심판원에 조세심판을 청구했다.
조세심판원은 GS리테일이 세액공제를 청구한 연구개발비가 조세특례제한법상 세액공제 대상에서 제외된다고 보고, 2018년 8월 1일 GS리테일 측 청구에 대한 기각 결정을 내렸다. 조세심판원은 조세특례제한법상 서비스 활동의 경우 ‘자체’ 연구개발에 필요한 비용만 세액 공제가 가능한 규정을 근거로 ‘위탁개발’로 지출된 해당 연구개발비는 세액 공제 대상이 될 수 없다고 밝혔다.
이에 GS리테일은 2018년 10월 30일 서울행정법원에 ‘법인세 경정청구 거부 처분 취소’ 소송을 제기했다. 소송대리인으로는 강석훈 법무법인 율촌 대표변호사를 선임했다. 대법원 재판연구관 출신인 강 대표변호사는 2024~2025년 국제조세협회 이사장을 지낸 이력이 있다.
GS리테일은 소송에서 전산 시스템 개발 행위가 과학기술 활동에 해당하고, 해당 전산 시스템이 업무 기반을 혁신적으로 개선했기 때문에 조세심판원이 판단한 예외 규정에 해당하지 않는다고 주장했다. 역삼세무서는 GS리테일의 전산 시스템 연구개발이 조세특례제한법에서 정의하는 ‘과학기술 활동’에 해당되지 않는다고 주장했다. 시스템 자체에 대해서는 ‘서비스 활동’으로 볼 수 있으나, 자체 개발이 아닌 위탁업체를 통해 개발한 점 때문에 세액공제 대상이 될 수 없다고 주장했다.
2020년 5월 8일 1심 재판부는 역삼세무서 측 주장을 받아들여 GS리테일의 청구를 기각했다. GS리테일은 같은 해 6월 9일 항소했다. 다만 세액공제를 요구한 법인세 환급 연도 범위(2011~2014년)는 2013년과 2014년을 빼고, 2011년과 2012년도로 축소했다. 2심 재판부의 판단도 1심과 다르지 않았다. GS리테일은 대법원에 상고하지 않아 지난해 11월 7일 2심 판결이 확정됐다.
박찬웅 기자 rooney@ilyo.co.kr